В структуру Института наук о Земле входят шесть кафедр:
геоэкологии и прикладной геохимии;
месторождений полезных ископаемых;
общей и инженерной геологии;
океанологии (базовая кафедра Южного научного центра Российской академии наук);
социально-экономической географии и природопользования;
физической географии, экологии и охраны природы.