Учёный награждён орденом за заслуги в сфере науки и образования. Под руководством профессора Эмирбека Эмирбекова подготовлены более 60 кандидатов наук, 4 доктора наук. Он автор около 450 публикаций, в том числе 7 монографий, 8 учебных пособий. Научная школа Эмирбекова по биохимии известна своими трудами не только в Российском, но и в Международном сообществе ученых. Эмирбек Эмирбеков является членом редколлегии и редсовета трех Российских и двух Международных научных журналов, а также кавалером орденов Дружбы, Почета и ряда общественных организаций России и Международных наград.