ЮФУ занял 6 место среди университетов России и вошел в ТОР-100 Европы в рейтинге Scimago Institutions Rankings World Reports . По научной продуктивности ЮФУ уступил только МГУ, СПБГУ, Новосибирскому госуниверситету, Санкт-Петербургскому политехническому университету, Казанскому (Приволжскому) федеральному университету.Исследовательской группой SCImago подготовлен доклад Scimago Institutions Rankings World Reports 2011, содержащий результаты оценки 3 042 лучших мировых научно-исследовательских институтов и организаций в 104 странах по показателю их научной продуктивности в 2005-2009 годах. Данные получены на основании наукометрической системы Elsevier Scopus. Эта система охватывает опубликованные статьи в более чем 17000 источниках, содержит около 16 миллионов публикаций и 150 миллионов цитирований.
Из российских вузов и научных организаций в SIR World Report 2011 вошли 34 научно-исследовательские организации. Южный федеральный университет обогнал в рейтинге такие ведущие вузы страны, как МИФИ, Нижегородский университет, МФТИ, МИСИС, МФТИ им. Баумана, НИУ ИТМО, ЛЭТИ, СФУ. В национальном рейтинге научных институтов Южный федеральный университет занял 11 место (6 абсолютное место среди университетов), в европейском – 78 место, в мировом – 1547 место. По научной продуктивности ЮФУ уступил только МГУ, СПБГУ, Новосибирскому государственному университету, Санкт-Петербургскому политехническому университету, Казанскому (Приволжскому) федеральному университету.
