Начавшаяся война прервала мирные планы народа. Советские ученые стали в ряды тех, для кого лозунг «Все для фронта, все для победы!» стал выражением их гражданского и патриотического долга. Центром интенсивной научной работы стало выполнение заказов для фронта.
В первые же дни войны 66 молодых сотрудников, аспирантов и 600 студентов были призваны в действующую армию. Когда фронт приблизился к городу, Дмитрий Никифорович Шишов, избранный в 1940 г. секретарем партийной организации университета, с большой группой коммунистов вступил в ряды народного ополчения, стал комиссаром батальона. Археолог Георгий Александрович Иноземцев прошел путь от командира пулеметного взвода до командира стрелковой дивизии. В 1944 г. ему было присвоено звание Героя Советского Союза. Этого высокого звания удостоены также С.Я. Орехов и В.Ф. Соляник. Выпускница биологического факультета университета Александра Дубровина была классной руководительницей Ульяны Громовой, Анатолия Попова, Майи Пегливановой. Как и ее ученики, для которых она была авторитетным наставником, Дубровина вступила в ряды героической «Молодой гвардии», участвовала в ее делах и вместе с другими молодогвардейцами пошла на смерть.
С июня 1941 по июль 1942 г. университет продолжал работу в Ростове-на-Дону. С первых месяцев войны Ростов оказался прифронтовым городом, а университет — прифронтовым вузом. Оставшиеся на своих рабочих местах взяли на себя двойную, тройную нагрузку, заменяя ушедших товарищей.
Самоотверженный труд всего коллектива получил высокую оценку в приказе наркома просвещения от 22 мая 1942 г., в котором научным работникам университета была объявлена благодарность «за инициативу, энергию и усердие в выполнении специальных заданий, направленных на ускорение разгрома немецко-фашистских войск» (Цит. по: Ростовский государственный университет (1915—1965), с. 337). Химики университета во главе с профессором Н.А. Трифоновым разработали зажигательную бутылочную гранату, наладили массовое производство этих боеприпасов. Экспериментальные мастерские университета стали настоящим военным заводом, на котором изготовлялись различные взрывные устройства, в том числе и для ведения партизанской войны, создавалась оборонная техника. Математики и физики выполняли заказы командования, испытывая на прочность различные материалы, давали заключение о проходимости грунта для различных видов транспорта, изготавливали приборы. День и ночь продолжалась работа — университет встал в ряды защитников города.
Летом 1941 г. около 500 студентов и сотрудников университета выехали в Тарасовский и Цимлянский районы на уборку урожая. И здесь был передний край борьбы с врагом. Сельскохозяйственный отряд трудился самоотверженно, работа велась практически круглосуточно.
В сложной обстановке, когда город постоянно подвергался бомбардировкам и обстрелам, сотрудники вуза работали на строительстве оборонительных сооружений: рыли траншеи, строили баррикады. Работу направляла партийная организация, в первых рядах трудились коммунисты Ф.Н. Кучерова, Э.А. Ко-саковская, П.В. Мирошников, Е.И. Воеводина.
Начало учебного года было задержано трудностями военного времени. Но с 22 декабря 1941 г. возобновились систематические занятия на старших курсах физико-математического, геолого-почвенно-географического, биологического, химического и на первом курсе историко-филологического факультетов. Лекции читали ведущие профессора Д. Д. Мордухай-Болтовской, В. В. Богачев, С. А. Захаров, В. П. Вельмин, Н. И. Покровский, молодые аспиранты и сотрудники готовили к защите кандидатские диссертации. Не всем удалось довести работу до конца. Необходимость взять в руки оружие заставила отложить защиту диссертаций М.И. Шарцмана, А.А. Пересаду, которые пали смертью храбрых.
Обстановка в городе становилась все более сложной и напряженной. 8 июля 1942 г. фашистская авиация разбомбила здание физико-математического факультета, в котором на боевом посту погибли 12 работников экспериментальных мастерских. Фронт приближался. Университет стал готовиться к эвакуации. 8 коммунистов и 47 комсомольцев во главе с секретарем партийного бюро Фаиной Николаевной Кучеровой до последнего дня оставались в городе. Самоотверженно трудился и ректор университета Семен Ефимович Белозеров, возглавлявший коллектив с сентября 1938 по ноябрь 1954 г. В дальнейшем он многое сделал для воссоздания истории вуза.
В июле 1942 г. университет был эвакуирован в Махачкалу, а затем в город Ош Киргизской ССР. Начался новый период в деятельности вуза — эвакуационный. Особенно трудными были условия первой зимы. Нехватка самого необходимого оборудования, отсутствие достаточного количества высококвалифицированных кадров (нередко кафедры возглавлялись аспирантами)— все это очень затрудняло работу коллектива. Но он сразу же оказался в гуще дел и проблем, которыми жила Киргизия и город Ош: биологи занялись решением задач, связанных с улучшением качества хлопка; интенсивно изучались вопросы борьбы с сорняками и вредителями; геологи провели значительную работу по выявлению природных богатств республики. И хотя объединенный коллектив Ростовского университета и Педагогического института насчитывал всего 9 профессоров, 25 доцентов, 25 преподавателей, лаборантов и ассистентов, был выполнен большой объем работ.
Продолжалась и интенсивная научная работа, шли учебные занятия со студентами. С июня 1941 по октябрь 1942 г. университет подготовил 550 специалистов. 10 ученых университета и 15 работников других вузов защитили в это время в РГУ кандидатские диссертации, трое — докторские.
Ошские областные партийные и государственные органы, руководство республики и Наркомата просвещения высоко оценили вклад сотрудников университета в исследование Наукатского минерально-сырьевого комплекса, местного растительного сырья, разработку научной истории Ошской области.
В феврале 1943 г. после упорных боев был освобожден Ростов-на-Дону. Здесь началась огромная восстановительная работа. Город был сильно разрушен, значительный ущерб был нанесен и университетским зданиям. Однако уже 11 октября 1943 г. областной комитет партии принял решение о введении в строй университета и педагогического института. Ростовчане стремились как можно скорее включить в число действующих свой основной научный центр, который мог оказать помощь в решении сложных задач восстановления народного хозяйства.
С ноября 1943 г. началась подготовка РГУ к реэвакуации. А в Ростове тем временем под руководством доцента университета Ф. Н. Кучеровой завершалось оборудование аудиторий, лабораторий, кабинетов. 6 декабря возобновились учебные занятия. Полностью же университет переехал в Ростов 16 мая 1944 г. Поначалу лекции проводились в основном в бывшем общежитии, где жила большая часть студентов и преподавателей. Условия были трудными. Но государство постоянно увеличивало помощь университету. В 1943 г. бюджет его составлял 1,5 млн. рублей, в 1944 — 4,8 млн., в 1945 г.— уже 18 млн. рублей. Кроме увеличения денежных ассигнований СНК РСФСР и СНК СССР обязали целый ряд наркоматов поставлять университету хозяйственное оборудование, материалы, одежду, обувь. Выделялись материалы для ведения восстановительных работ, строительства жилья.
За пять неполных лет были введены в строй главный корпус, здания физического и химического факультетов, часть помещений ботанического сада, Азово-Донская и Новороссийская биологические станции. В 1946 г. начала функционировать почвенная станция, а с 1948 г.—астрономическая обсерватория и ионосферная станция.
Учитывая потребности в специалистах, университет провел реорганизацию ведущих естественных факультетов. Географический факультет был объединен с геологическим, а подготовку почвоведов сосредоточили на биолого-почвенном факультете. С декабря 1948 г. на физико-математическом факультете открыта кафедра истории физико-математических наук. Расширился цикл гуманитарных факультетов. Началась подготовка правоведов на вновь созданном юридическом факультете. На историко-филологическом факультете открылись отделения романо-германских языков и литературы, а также логики и психологии. Первое из них в 1955 г. выделилось в самостоятельный факультет Ростовского государственного педагогического института.
Материалы из книги "Ростовский государственный университет (1915—1985)" под общей редакцией чл.-кор. АН СССР Ю.А. Жданова, Изд-во Ростовского университета, 1985 г., с.25-29.