По данным Рейтинга Южный федеральный университет входит в группу 801–1000. Рейтинг оценивает показатели университетов по их публикационной активности в естественно-научных областях.

В 2021 году в рейтинге представлено 1227 вузов из них Российских 48. Попадание Южного федерального университета в предметный рейтинг THE по данному направлению, во многом обусловлено высокой публикационной активность и качественными исследованиями, проводимыми университетом. За период 2018–2021 годы по направлению Physical Sciences сотрудниками ЮФУ было опубликовано более трех тысяч статей, из которых 1047 статьи в наиболее цитируемых мировых журналах первого и второго квартиля.

Уровень достижений университетов в Рейтинге лучших университетов мира THE World University Rankings оценивается на основании результатов статистического анализа их деятельности, а также результатов ежегодного глобального экспертного опроса представителей международного академического сообщества и работодателей.  В частности, оценка вузов идет по следующим параметрам: уровень преподавания, качество исследовательской деятельности и объем цитирования исследовательских работ, включенность вуза в инновационные процессы и глобальные исследования.