Более 50-ти лет Геннадий Сергеевич проработал на ТАНТК им. Г.М. Бериева, где из прошел путь от служащего до генерального директора — генерального конструктора, успешно проработав на этой должности более 10 лет.

За время своей работы он участвовал в создании пассажирского самолета Бе-30, самолета-амфибии вертикального взлета и посадки ВВА-14, самолетов Ту-142МР и А-50, самолета-амфибии А-40. Руководил программами создания конверсионных самолетов-амфибий, многоцелевого самолета-амфибии Бе-200ЧС, противопожарных Бе-12П и Бе-12П-200, грузопассажирского Бе-12НХ, самолета местных линий Бе-32К, легкого самолета-амфибии Бе-103.

Выдающейся заслугой Геннадия Сергеевича, как организатора, является то, что в сложное для страны время он смог с нуля создать многоцелевой самолет-амфибию, Бе-200ЧС, который в настоящее время производится серийно и олицетворяет российскую инженерную мысль в области гидроавиации.

Также 5 марта 1992 года по инициативе профессора Панатова в Таганрогском государственном радиотехническом институте (ныне ЮФУ) была основана кафедра летательных аппаратов. За 30 лет кафедра выпустила более тысячи высококлассных специалистов в области самолетостроения и эксплуатации летательных аппаратов.

Геннадий Сергеевич Панатов награжден  орденом  «За заслуги перед Отечеством» IV степени, орденом «Дружбы народов», Государственной премией Российской Федерации,  званием «Почётный авиастроитель», Премией имени А.Н.Туполева (совместно с В. А. Кобзевым, В. П. Соколянским) — за работу по созданию многоцелевого самолета-амфибии Бе-200, а также  почетным орденом «За заслуги перед Ростовской областью».