Одним из важнейших показателей качества отбора является средний проходной балл ЕГЭ на программы бакалавриата и специалитета. В 2016 году в ЮФУ он самый высокий по региону: 73,6 балла при зачислении в первую волну и 73 балла при зачислении на бюджетные места по двум волнам. В университете нет ни одного студента с баллом ЕГЭ меньше 50.

Университет нацелен на подготовку высококвалифицированных кадров – в 2016 году места на программы второго уровня (программы магистратуры) и программы подготовки научно-педагогических кадров (программы аспирантуры) составляют более 45 % в общей структуре набора.

О мировом признании качества образования в ЮФУ говорят высокие позиции вуза в ведущих мировых и отечественных рейтингах: Южный федеральный университет – один из 13 российских вузов, входящих в ТОП-100 университетов QS BRICS, университет занимает 12 место в национальном рейтинге университетов по рейтингу информационного агентства «Интерфакс».