В настоящее время центр располагает двумя высокопроизводительными ресурсами: кластер "Silver" производства Fujitsu Siemens (производительность 4,8 Тфлопс, введен в эксплуатацию в 2008 году) и кластер “Black” производства IBM (производительность 15,2 Тфлопс, введен в эксплуатацию в 2014 году). Запуск заданий осуществляется с помощью управляющего сервера. На кластерах установлено специализированное программное обеспечение: Gaussian03, MolPro, Gamess, NWChem, ORCA.

Расчеты, проводимые с использованием ресурсов вычислительного центра, обеспечивают исследования по компьютерному моделированию бистабильных молекулярных и супрамолекулярных систем для  устройств трехмерной молекулярной памяти, систем преобразования энергии и химической сенсорики; органических и координационных систем для молекулярных переключателей и магнитоактивных комплексных соединений для молекулярных магнетиков.