В составе НИЧ ЮФУ созданы:

 Инновационный научно-образовательный центр "Геоэкология и природопользование" (директор - завкафедрой геоэкологии и прикладной геохимии, д.г.-м.н. В.Е. Закруткин);

НОЦ "Прикладная ядерная физика" (директор - профессор физического факультета, д.ф.-м.н. В.С. Малышевский);

НОЦ "Биофизика" (директор - профессор физического факультета, д.б.н. А.Б. Узденский); 

НОЦ "Развитие личности в контексте культуры и образования" (директор - завкафедрой детской психологии факультета педагогики и практической психологии Педагогического института, д.психол.н. А.В. Черная);

НОЦ "Инноватика" (директор - профессор факультета высоких технологий А.А. Золотарев);

 НОЦ "Физика и технология электрически активных материалов в различных твердотельных состояниях" (директор - завотделом активных материалов НИИ физики, д.ф.-м.н. профессор Л.А. Резниченко).

 НОЦ "Межкультурные взаимодействия в полиэтническом регионе - Юге России" (директор - профессор факультета философии и культурологи, д.филос.н. Г.В. Драч);

НОЦ "Глобальные и региональные географо-экологические исследования и инновационные технологии" (директор - профессор геолого-географического факультета, д.г.н. Ю.А. Федоров);

НОЦ "Радиофизика" (директор - профессор физического факультета, д.ф.-м.н. Г.П. Синявский);

НОЦ "Психофизиология и эргономика" (директор - профессор биолого-почвенного факультета, к.б.н. Е.К. Айдаркин).