23 ноября 2006 года вышло распоряжение Правительства Российской Федерации о создании федерального государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования “Южный федеральный университет".Университет образован в рамках национального проекта “Образование” распоряжением Правительства Российской Федерации от 23 ноября 2006 г. N1616-р в результате реорганизации в форме присоединения к государственному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Ростовский государственный университет» государственных образовательных учреждений высшего профессионального образования «Ростовская государственная академия архитектуры и искусства», «Ростовский государственный педагогический университет», «Таганрогский государственный радиотехнический университет».
Напомним, что 4 ноября 2006 года был создан Сибирский федеральный университет, а 23 ноября 2006 Южный федеральный. Опыт создания и деятельности СФУ и ЮФУ стал основой создания сети федеральных университетов.
В декабре 2016 года ЮФУ станет площадкой проведения торжественных мероприятий посвященных 10-летию создания проекта федеральных университетов.