В структуру Института наук о Земле входят шесть кафедр:

геоэкологии и прикладной геохимии;

месторождений полезных ископаемых;

общей и инженерной геологии;

океанологии (базовая кафедра Южного научного центра Российской академии наук);

социально-экономической географии и природопользования;

физической географии, экологии и охраны природы.