- Академия архитектуры и искусств
- Академия биологии и биотехнологии им. Дмитрия Иосифовича Ивановского
- Академия психологии и педагогики
- Академия физической культуры и спорта
- Институт высоких технологий и пьезотехники
- Институт компьютерных технологий и информационной безопасности
- Институт нанотехнологий, электроники и приборостроения
- Институт радиотехнических систем и управления
- Институт управления в экономических, экологических и социальных системах
- Высшая школа бизнеса ЮФУ
- Институт истории и международных отношений
- Институт математики, механики и компьютерных наук им. И.И. Воровича
- Институт наук о Земле
- Институт социологии и регионоведения
- Институт филологии, журналистики и межкультурной коммуникации
- Институт философии и социально-политических наук
- Международный институт междисциплинарного образования и иберо-американских исследований
- Факультет бизнеса "Капитаны"
- Факультет управления
- Физический факультет
- Химический факультет
- Экономический факультет
- Юридический факультет
- Международный исследовательский институт интеллектуальных материалов
- Филиал ЮФУ в г. Геленджике
- Филиал ЮФУ в г. Новошахтинске
- Колледж прикладного профессионального образования