Оранжерея Ботанического сада Южного федерального университета требует радикальной реконструкции, поскольку представляет собой строение, запущенное в эксплуатацию в 1953 г. (фундамент оранжереи был заложен в 1913 г.).

Проблемой также является то, что часть коллекции, высаженная в 50-е годы непосредственно в грунт, представляет собой дорогостоящие крупномерные экземпляры, не подлежащие пересадке. Частично проблема может быть решена в результате введения в эксплуатацию нового тепличного комплекса.

Замена стекол в оранжерее производится круглогодично, особенно большой ущерб был нанесен в результате сентябрьского урагана. Ремонтные работы производятся ежегодно. На данный момент в оранжерее планируется остеклить 200 м2, заменить 400 м. труб отопления. Все работы, связанные с ремонтом оранжереи производятся соответствующими службами ЮФУ. Заявки на проведение ремонтных и подготовительных работ дирекцией Ботанического сада подаются регулярно и своевременно. Собственных ресурсов и служб для проведения ремонтных работ у Ботанического сада нет.

В настоящее время оранжерея обогревается портативными отопительными устройствами. В ближайшее время будет запущена котельная, снабжающая оранжерею теплом.