Целью деятельности Центра является разработка и реализация сценариев инновационного развития образования Южного федерального округа на основе взаимодействия институтов инновационной инфраструктуры, органов власти, бизнеса и общества.

Центр призван решать задачи:

- организации деятельности по созданию инфраструктуры инноваций в Южном федеральном округе;

- формирования инновационного ресурса проектных разработок, технологий, функционирующих объектов инновационной инфраструктуры как целостной системы, целеориентированной на модернизацию экономики России на основе инноваций;

- организации трансфера эталонных знаний и технологий, развития коммуникативных взаимодействий институтов, образующих инновационную инфраструктуру, органов законодательной и исполнительной ветвей власти, бизнеса и общества;

- разработки вариативных стратегических сценариев инновационного развития Южного федерального округа с учетом имеющихся рисков, в плане формирования нового качества человеческого капитала, определяемого понятием «инновационный человек»;

- создания территории инноваций в условиях поликультурного региона, используя технологии управления устойчивым развитием системы высшего профессионального образования в Южном федеральном округе.