Южный федеральный университет является официальным членом следующих ассоциаций:
Ассоциация выпускников ЮФУ
Ассоциация содействия многостороннему сотрудничеству в сфере науки и образования в Черноморском регионе
Ассоциация "Баскетбольный клуб "Пересвет-ЮФУ"
Гандбольный клуб "Донские казаки--ЮФУ"
Российская ассоциация бизнес-образования (РАБО)
Ассоциация классических университетов России
Ассоциация ведущих университетов
Ассоциация технических университетов
Ассоциация участников мегапроектов
Общероссийская общественная организация "Российский Союз ректоров"
Ассоциация образовательных организаций "Научно-образовательная теологическая ассоциация"
Союз работодателей Ростовской области
Торгово-промышленная палата Ростовской области
Всемирная ассоциация выпускников высших учебных заведений
Ассоциация "Технологическая платформа БиоТех2030"
Ассоциация "Технологическая платформа "Авиационная мобильность и авиационные технологии"
Ассоциация юридического образования
Ассоциация Инженерные изыскания в строительстве
Институт профессиональных бухгалтеров и аудиторов России (ИПБ России)
Ассоциация вузов в области радиоэлектронной промышленности ЭКБ
Ассоциация инклюзивных вузов (АИВ)
Национальная ассоциация трансфера технологий
Союз "Строители Ростовской области"
Ассоциация "Проектировщики Ростовской области"
Ассоциация научных редакторов и издателей (АНРИ)