В структуру Института наук о Земле входят девять кафедр:

геологии нефти и газа;

геоэкологии и прикладной геохимии;

гидрогеологии и инженерной геологии;

месторождений полезных ископаемых;

минералогии и петрографии;

общей и исторической геологии;

океанологии (базовая кафедра Южного научного центра Российской академии наук);

социально-экономической географии и природопользования;

физической географии, экологии и охраны природы.