К началу 1941 года университет представлял собой крупный научно-учебный и культурный центр на Дону и Северном Кавказе. В его состав входили:

• физико-математический,
• геолого-почвенный,
• географический,
• биологический,
• химический
• вновь открытый в 1941 году историко-филологический факультеты,
• НИИ математики и физики,
• НИИ биологии,
• ботанический сад,
• астрономическая обсерватория,
• ионосферная станция.

Обучался всего 1471 студент. На 36 кафедрах работало 183 преподавателя.

Во время Великой Отечественной войны более 600 студентов, преподавателей, сотрудников университета участвовали в боевых действиях, были награждены боевыми орденами и медалями, многие дошли до Вены, Праги, Варшавы, Берлина. Часть сотрудников и студентов вступили в ряды народного ополчения, поступили в военную академию и на курсы медсестер, участвовали в строительстве оборонительных сооружений.

С первых дней войны научные исследования университета были переориентированы на решение задач, связанных с выполнением заказов для фронта. Химики университета под руководством проф. Н. И. Трифонова разработали и наладили массовое производство зажигательной бутылочной гранаты. В экспериментальных мастерских (ул. Горького 88) физики и математики изготавливали различные взрывные устройств, новые приборы радиосвязи для Красной Армии, испытывали на прочность различные материалы.

За отличную военно-оборонную, научную и научно-техническую работу только в 1941-1942 годах 54 человека были награждены почетными грамотами, благодарностями командования Южного фронта и наркома просвещения, правительственными наградами.

Здание университета в г.Ош

С июля 1942 года по ноябрь 1944 года РГУ находился в эвакуации в г. Ош Киргизской ССР. Во время своего пребывания там университет продолжал свою педагогическую и научно-исследовательскую работу.

Химики, биологи

• разработали меры повышения урожайности сельскохозяйственных культур,
• оказывали агрономическую помощь колхозам и совхозам области;
• изучали местное лекарственное сырье, в том числе лечебные свойства аю-чача (против чесотки домашних животных);
• работали над улучшением качества хлопка.

Геологи выявили природные богатства республики (Наукатский минерально-сырьевой комплекс и т.п.).

Физики, историки, филологи проводили широкую политико-просветительную работу, работали в школах.

В результате научно-исследовательской и методической работы была подготовлена к печати 61 рукопись объемом 80-90 печатных листов, из которых 27 - результат научных экспедиций по изучению природных богатств Ошской области.

Сообщение об освобождении 14 февраля 1943г. Ростова от немецких захватчиков воодушевило наднждой на скорое возвращение в родной город. Коллектив университета работал еще с большей энергией и 15 июля успешно закончил учебный год.

В ответ на просьбы, посланные в Наркомпрос и в Ростовский обком ВКП(б), о разрешении рэвакуировать университет были получены указания о необходимости продолжать работу в г.Ош и готовиться к новому учебному году. В Ростове же в 1943г. по решению областных организаций начал функционировать филиал университета.

В начале 1944г. было получено указание о реэвакуации. Коллектив РГУ помог создать базу и подобрать преподавательский состав для пединститута, который было решено создать в г.Ош. после отъезда университета. Этот институт работает в настоящее время. В числе его сотрудников осталось несколько преподавателей университета.

2 мая 1944 года коллектив университета распрощался с Киргизской ССР и 16 мая прибыл в Ростов.

Тяжелая картина открылась перед вернувшимися : красавец-город был изуродован фашистскими извергами до неузнаваемости. Разрушены почти все здания шести ростовских вузов. Вместо научной библиотеки РГУ стоял остов с перекошенными железными балками, а красивое здание физмата превратилось в руины. В главном корпусе университета была пробита крыша и разрушен 5-й этаж, окна заложены кирпичом или забиты досками. В здание химфака попал снаряд. Отопительная и канализационная системы не работали; хозяйственное и научно-учебное оборудование почти полностью исчезло. Разбитыми оказались все дома Новороссийской биостанции и все оранжереи Ботангического сада с богатой тропической и субтропической растительностью, расхищены оккупантами инвентарь и тягловая сила Азово-Донской станции и Ботанического сада.

Перед коллективом университета стояли большие и сложные задачи :

• разместить прибывших студентов, научных работников и служащих\ лишившихся своих квартир
• начать восстановление зданий РГУ
• привести в порядок оборудование
• восстановить учебную и научную жизнь.

Учебные занятия в мае-июне 1944г. проходили главным образом в общежитии.

Коллектив научных работников, студентов и служащих усердно работал на строительстве и восстановлении зданий, оборудования и библиотеки.

В начале 1945г. университет получил обратно свой главный корпус (ул. Энгельса 105). Сюда перебрались все факультеты кроме химфака и физмата, все общеуниверситетские кафедры, ректорат, бухгалтерия и научная библиотека.Учебная жизнь постепенно налаживалась.

В марте 1945 года была проведена научная конференция по итогам работы Ростовского государственного университета им. Молотова за 5лет.

На 1 августа 1945 года в университете обучалось 775 студентов и 147 преподавателей вели научно-педагогическую работу.